Vùng duyên hải phía tây Flores là một trong ít nơi, cùng với đảo Komodo, là những nơi có rồng Komodo sinh sống trong thiên nhiên. Chuột khổng lồ Flores cũng là loài động vật đặc hữu của đảo này.

Tháng 9 năm 2003, tại hang Liang Bua ở miền tây Flores, các nhà cổ nhân loại học đã phát hiện các bộ xương nhỏ mà được họ miêu tả như là một loài trước đây chhuwa biết thuộc họ Người (Hominidae), với danh pháp Homo floresiensis. Những bộ xương này được gọi không chính thức là hobbit (người lùn tưởng tượng) và dường như khi đứng thẳng chỉ cao khoảng 1 m. Bộ xương còn nguyên vẹn nhất (LB1) có niên đại khoảng 18.000 năm. Miêu tả về một loài mới đã được công bố, nhưng hiện vẫn bị các nhà nghiên cứu khác tranh cãi khi họ cho rằng những người cổ đại này có thể chỉ đơn thuần là chịu những rối loạn trong phát triển[2].

Flores cũng là nơi sinh sống của voi lùn thuộc chi Stegodon đã tuyệt chủng khoảng 18.000 năm trước đây. Đây cũng là nơi sinh sống của các loài gặm nhấm khổng lồ. Một số nhà khoa học cho rằng các nguồn lực hạn chế là nguyên nhân chính dẫn tới việc một số loài từng sinh sống trên đảo phải hoặc là lùn hóa hoặc phải khổng lồ hóa[3].